为了更好的服务来自各地的客户朋友，南沙港实施了诸多便民措施，力求为客户创造便捷和更多的利益。
便民措施：
一、实行“5+2”工作制，打造优质高效通关环境
南沙海关坚持以“更主动的态度、更细致的工作、更高效的服务”，不断为企业提供更加方便快捷的通关方式。从2009年6月开始，南沙海关在南沙新港实行了“5+2”工作制，延长口岸服务时间；鼓励企业采用提前报关、集中申报、网上付税等通关方式，从而大大提高通关效率，节省物流成本。
同时，海关还加强与检验检疫部门的合作，2009年9月2日，南沙海关与南沙出入境检验检疫局签订了《关于促进南沙地区社会经济发展的合作备忘录》，通过联合查验、信息共享、配合通关单修改等，进一步简化通关流程，共同提高口岸通关效率，为共同打造大港口、大物流，共同做出努力。
二、以推广“属地申报、口岸验放”为桥梁，促进国际多式联运业务发展。
为进一步增加口岸进出口物流，延伸南沙新港的国际港口的辐射和服务功能，海关以推广“属地申报、口岸验放”通关模式为桥梁，分别与南宁、长沙、武汉、贵阳、南昌、乌鲁木齐、黄埔、青岛等海关，共同签订了合作备忘录，确定了以南沙新港为龙头，以广州白云机场和广州铁路为双翼，通过开展江海联运、海陆铁联运、海陆联运等多式联运，实现南沙新港与我国沿海相关港口、珠江内河段各港口、内陆广大腹地，甚至西南西北等陆路边境地区的进出口物流的大联动，大大促进南沙新港与内陆地区、沿海地区的物流联动和国际多式联运业务的发展。
三、不断拓展运输组织方式，提高南沙新港的运输效能。
一是支持海运支线和海陆接驳业务发展，增强海运枢纽港的辐射能力，来往大陆与香港澳门的小型船舶，可直接停靠南沙新港；二是对来往大陆与香港澳门的小型船舶，可与国际航行船舶接驳，承运海运支线的转关货物，海关对这些接驳货物实行“一次申报，一次查验，一次放行”；三是支持开展内外贸集装箱货物“同船运输”业务，推进构筑以南沙新港为国际集装箱枢纽港的国际海港运输大动脉，南沙新港已经与大连、天津、上海、青岛、湛江等14个港口开展了内外贸集装箱货物的同船运输业务，这不仅增强了南沙新港与沿海其他海港的合作空间，也在南沙新港与其他沿海国际海港之间，建立起一条连通南北、航线互补、运能共享的海上运输大动脉。
四、大力支持零担拼柜业务，丰富物流发展新模式。
南沙海关成立后，在广泛、深入调研的基础上，根据珠三角地区的业务需求，及时丰富和拓展物流发展新模式，大力支持出口零担货物拼柜业务，把该项业务作为贯彻落实《珠三角地区改革发展规划纲要》和支持区域经济发展的一项重要工作，积极扶持不涉及出口许可证件管理、不涉及征收出口关税、不涉及知识产权海关保护、不涉及出口退税的零担拼柜出口业务。出口零担拼柜货物主要有：各类家具、生活用品、办公用品、机械零配件等，出口目的地主要为亚洲、非洲等发展中国家和地区。目前，出口零担拼柜业务，已逐步成为南沙新港物流发展的重要品牌，得到了广州市政府陈明德副市长和广大企业的高度评价。
五、推进“一关通”通关模式，促进跨关区贸易便利。
为进一步支持促进南沙新港的发展，广州海关与黄埔海关签订了《服务促进贸易便利化合作备忘录》，采用舱单互认、监管互助、数据共享、诚信企业互认等手段，不断拓展区域海关的合作范围，优化港口海关的服务功能，营造了便利进出口物流发展的通关大环境。
六、大力支持南沙保税港区封关运作，促进保税物流和港口物流同步发展。
保税港区作为目前国内开放程度最高，政策最优惠，功能最齐全，手续最简化的海关特殊监管区域，它代表着我国当今对外开放和优惠政策的最高水平。南沙保税港区于2008年10月经国务院批准设立，今年7月9日通过国家验收，8月31日封关运作。
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